¿Existe una herramienta en línea todo en uno para ejecutar eficientemente un equipo de desarrollo de software ágil distribuido?

Un buen comienzo sería incluir sus funciones, errores y tareas en una aplicación de gestión de pedidos pendientes de Agile (como Trello o Pivotal Tracker) en lugar de en fichas en una pizarra. Asegúrese de que todos muevan los elementos a “En progreso” y “Listo” de manera oportuna.

También necesita una forma fluida de comunicarse con todos los miembros del equipo. Haga que todos se unan a una aplicación de chat como Slack, o tal vez Google Hangouts si desea audio y video. El objetivo es tener una forma virtual de “tocar a alguien en el hombro” para mantener al equipo avanzando y desbloqueado.

Eso debería llevarte a la mayor parte del camino. Es posible que también necesite una forma de compartir documentos, maquetas, archivos, etc., si la aplicación de chat de su elección ya no cubre eso

Me temo que no encontrará todo en un solo producto. La solución más cercana es un conjunto de productos perfectamente integrados.

Ya mencionó a Jira, es posible que desee probar también Confluence para crear un puente entre sus boletos y la documentación, notas de la reunión, informes.

Tanto Jira como Confluence pueden contar con una larga lista de extensiones para mejorar sus capacidades.

Hip-Chat permite tener múltiples salas mientras recibe notificaciones automáticas de su proyecto. Todavía no es tan maduro como Hangouts, pero puede conectarlos para iniciar conferencias de Hangouts directamente desde la sala Hipchat.

La suite Atlassian se acerca mucho a todo lo que necesitas.

JIRA para el seguimiento de tareas.
BitBucket para control de versiones.
Confluencia para la documentación.
HipChat para la comunicación del equipo.

Y son muy fáciles de integrar entre sí, ya que forman parte de la misma suite del mismo proveedor.

No estoy representando a Atlassian de ninguna manera, esta es simplemente mi propia opinión.

Utilizamos todas las herramientas que mencionas en tu comentario: Jira, Slack, Google Hangouts. Personalmente, no veo la necesidad de que una empresa cree una solución todo en uno. Atlasssian / Jira es un gran ejemplo. Prefiero que mejoren ese producto que recrear Hangouts de Google. Usar Hangouts de Google está bien, en mi opinión.